目前，市场上的酵素主要分为4类：
1、 环保酵素
环保酵素，是将红糖、果蔬、水按照一定比例混合，在好氧环境中自然发酵而得的液体。然而很多人不知道，其实环保酵素是不适合食用的！这类酵素常用于堆肥，减少厨余垃圾，因此，环保酵素也叫垃圾酵素。
由于杂菌不受控制，这类酵素含有大量霉菌及金黄色葡萄球菌，使除掉霉菌本体，还会残留一些霉菌毒素，如展青霉素、黄曲霉素，均属于强致癌物质。因此，很多专家不建议大家在家作酵素！
2、EM生态酵素
EM生态酵素，是蔗糖与水按1：10混合，加入复合微生物发酵而得的液体，由日本琉球大学比嘉照夫教授发明。
EM生态酵素可消除土壤腐败，抑制病原菌，形成良好的生态环境。在种植、畜牧、水产、环保、饲料等方面都有显著作用。EM生态酵素参与发酵的微生物，包括光合菌群、乳酸菌群、酵母菌群、放线菌群、丝状菌群。在农业科技中的作用是巨大的，在促进农业安全、有效发展方面，具有很大的可行性。
3、 酶制剂
酶制剂，含有酶（enzyme）的粉末、胶囊、液体。酶制剂在生活中的应用比较多，很多美食离不开酶制剂，最常见的是嫩肉粉、杂果酵素。我国法律对于酶制剂用于人体，有一定的审批要求。
此类酵素，一般使用普通密封容器包装，均不含任何活性益生菌。所含酶的活力单位也较低。
4、益生菌酵素
益生菌在密封的容器中，对蔬果等进行厌氧发酵，提取而得！目前，益生菌酵素是最理想、最符合我们对酵素的期望，而且这类酵素的效果是在临床被验证的。
富含活性益生菌、乳酸菌素、益生菌胞外多糖、益生菌分泌的酶…… 益生菌酵素具有调节免疫、调整肠道、抵御心血管疾病、肥胖、Ⅱ型糖尿病、痛风、癌症、哮喘、肾结石、抑郁症等多种疾病的普遍功效。
采用益生菌发酵还可增值和萃取植物中的各种活性成分，尤其是非食用部的多酚、酮、烯、萜、多糖、皂甙等各种植源酵素，形成更多的保健功能。
由于始终厌氧，霉菌无法在益生菌酵素中生长、代谢，因此，益生菌酵素是没有霉菌毒素的安全食品，是很多养生保健朋友的首选养生方法！