按酵素来源分类大致可以分为四种，分别是天然食物中的酵素、身体内的消化酵素、体内的新陈代谢酵素与酵素食品。
一、天然食物中的酵素
生鲜食物皆含有酵素，包括生猪肉、生羊肉、生牛肉或生海鲜，以及新鲜的蔬菜水果，但因为考虑寄生虫等病原的问题，都不建议吃生的肉或生的海鲜，因此在本书中所提到的食物酵素都以新鲜蔬菜水果为主。
食物中的酵素从哪里获得呢？基本上，生的且未经煮过的食物都含有丰富的酵素。这些酵素能帮助身体的消化系统去消化各种食物。但大部分食物中的酵素都会因为经过煮、蒸、微波或烤的过程而被破坏。
人体制造酵素的能力会随着年龄增长身体机能老化而减退。久而久之，进而延伸的问题是因为酵素量的减少，身体的机能也会跟着减退，如果此时仍然继续吃精细加工或煮熟的食物，体内就会缺乏可以让消化系统正常运作的酵素。简而言之，烹煮过程会流失掉天然食物所含的酵素，所以摄取新鲜的蔬菜水果是很重要的。
另外一个需要关注的方面是，虽然食物酵素存在于新鲜的蔬菜水果中，但有些脂溶性的维生素与植物营养素，例如3胡萝卜素、茄红素、维生素E等，都需要被烹煮，而且是经加油烹调之后（也就是说用适合热炒的植物油烹调）才会完全地释放出来。
二、身体内的消化酵素
酵素是由蛋白质分子构成。人体内需要成百上千种的酵素，参与各种化学与生理反应，这些酵素都是由自己的细胞所合成的，即使有缺少也大多不能由食品中的酵素来补充。但消化道不在此限，因为消化道对体内的细胞而言仍属外环境，消化器官会分别合成各种我们所称的消化酵素，把食物中的大分子分解成小分子、微分子或单体元素，然后才能被肠道吸收进入体内利用。食物中含有消化酵素，因其结构和功能与消化道的消化酵素相同，所以可以参与分解功能，并增强消化功能。
在消化过程中，大约有20种以上不同种类的消化酵素参与分解食物中的物质（化合物），以利于身体的消化与吸收，这些酵素可以催化消化与分解所摄取的大分子营养素。此外，消化过程需要消耗大量的体内能量，酵素也能加速消化过程中的化学反应，借此可以保存身体的大量能量。
虽然有20多种不同类型的消化酵素，但一般来说，我们最常听到的消化酵素包括淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶三种。
三、体内的新陈代谢酵素
新陈代谢酵素可以将食物转化为能量物质，并将其转运到细胞中。除了消化酵素之外，身体内还有其他上千种酵素，统称为新陈代谢酵素。
新陈代谢酵素的功能到底是什么呢？凡身体能量的产生、眨眼、呼吸、思考、运动、睡觉等，都需要依赖酵素的参与去完成。因此，即使吃了一堆含有维生素、矿物质的食物，在缺乏酵素的情况下，这些营养元素是无法被人体吸收、代谢和利用的。
无论是新陈代谢酵素或消化酵素，它们的制造是有一定量的，而且随着年龄的增长，以及精神压力、生病、病后复原等的影响，酵素的消耗相对变快，所以它是与人类寿命息息相关的。
营养素在体内转化成能量之前，都需要经过氧化代谢的过程，这时候需要利用新陈代谢酵素，最后再新生成能量供人体使用。
除了产生能量，新陈代谢酵素还有一个很重要的功能。体内废物代谢的过程，诸如运动后的乳酸、毒素的排除等，也都是靠新陈代谢酵素的作用，把身体不需要的物质代谢出体外。
由此可见，我们身体的自愈能力与体能的恢复能力，都要依靠新陈代谢酵素。因此，对于你身体内的酵素，不论是消化酵素或是新陈代谢酵素，都需要好好珍惜。好好珍惜我们体内的酵素银行，可不要让银行亏空太多呀。
四、酵素食品
随着生物科学技术的日趋成熟，酵素食品也成为备受瞩目的保健产品之一。对于人体而言，除了可以从新鲜的蔬菜水果中摄取到酵素之外，酵素食品也是个不可或缺的选择。
酵素食品是在亚健康新概念下研制的特殊食品，是由微生物发酵的产物，现在市面上酵素的种类繁多，其分类无统一的规定，有的科学家将酵素分两大类即单一酵素和复合酵素，单一酵素如木瓜酵素、小麦草酵素。这类酵素只对一种物质产生作用：而复合酵素则是由多种单一酵素集合在一起，其作用具有多重性的特点。
按酵素作用可分为转移酵素和消化酵素。转移酵素在人体内多达1500多种，如转氨基酵素、基酵素，主要是转移和催化其细胞所需求的各种养分，进而供细胞所吸收；而消化酵素如脂肪酵素、淀粉酵素则主要是参与消化过程及消除排泄毒素废物。
国际上为了方便对酵素的研究，科学家将其分为六大类，即氧化还原酵素（氧化抗自由基作用）、转移酵素、水解酵素、裂解醇素、连接酵素、异构酵素。
酵素根据其制作过程又可分为液体酵素及粉体酵素两种。如今已按市场需求制成丹、膏、丸、散、液、锭剂等。液体酵素是经培养及酿造而成，而粉体酵素则是由抽取的方式来获得，两者都是复合性酵素。